“夏亚的反叛”（第二次新吉翁战争）结束12年后，时间来到宇宙世纪105年（U.C.0105）。面对强权统治的地球联邦政府，一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织异军突起，以暗杀政府高官的激烈方式展开对抗。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，竟是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年战争英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。神秘少女琪琪·安达露西亚展现出令人费解的奇异力量，她那晦涩的言语不仅捉弄着哈萨维，更唤醒了他深埋心底的往日创伤。尽管内心被少女的话语所动摇，哈萨维依然坚定地为袭击阿德莱德会议做着准备，决心以此推进马夫蒂的目标，并让过去的阴影得以了结。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格，正紧锣密鼓地部署阿德莱德会议的防御行动与剿灭计划。此时，刑事警察机构的汉德利·约克森向他抛出了一份秘密提案。在哈萨维与凯奈斯各自为实现目标而展开行动之际，琪琪也为了履行属于她自己的使命，踏上了前往香港的旅程。