近未来的日本，疏濑市的市民们正过着日复一日的平凡生活。唯独城市一角的孤丘上，耸立着一座由医疗机器制造厂建造、外形酷似熨斗的奇异工厂。每天到了固定时刻，这座工厂都会宛如刚刚熨烫完衣物一般，向天空喷吐出大量的蒸汽。
六年级小学生直太、高中生少女真见美（她也是直太那位远赴海外的哥哥的留洋女友），两人常在潺潺的河边百无聊赖地打发着时间。本该如同工厂蒸汽般按部就班延续的平静日子，却随着一场荒诞的意外戛然而止——传说中骑着机车（ Vespa ）的“蜜蜂女”晴子，竟驾驶着电车一头撞上了直太！
这场离奇的撞击不仅让直太的头上长出了奇怪的角，更让行为乖张的晴子以女佣的身份堂而皇之地住进了直太家中。晴子身上究竟隐藏着怎样的秘密？她口中时常喃喃自语的“FLCL”（Fooly Cooly）又到底有何深意？这一切，注定将令直太的生活迎来一场翻天覆地的脱轨狂飙。
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