1945年，游学归来的刑侦专家程慈航在码头突遇险情，多方势力为争夺一只铁箱大开杀戒。这只铁箱中，存放着日军细菌武器的绝密档案。警察厅厅长莫采石将铁箱存放于档案馆密室内，却因内奸刘阿常的出卖，导致档案在深夜被盗，案情从此变得扑朔迷离。程慈航获悉此案事关日军细菌武器，毅然向“叔叔”莫采石请战，总署刑侦警察局局长霍然随即特聘其为“布衣侦探”。程慈航上任后，很快寻得蛛丝马迹，顺藤摸瓜接连捕获重大线索，然而他却处处受阻——既要面对刑侦处处长严达庆的百般阻挠，又要揣测莫采石的讳深莫测，还要与对绝密档案觊觎已久的老同学哈金斯斗智斗勇，更要与暗藏的日本间谍展开博弈。每当程慈航即将触及真相，总有人抢先一步将相关人员杀人灭口。内贼刘阿常的死留下关键线索，矛头竟直指莫采石；而恋人杨玉琼的牺牲，更令程慈航爱恨交加，誓将真相追查到底。幕后黑手究竟是谁？丢失的档案到底藏于何处？程慈航最终如何破解这重重迷局，摧毁档案、大义锄奸？一切谜底，尽在《昙花梦》中为您揭晓。