《琅琊榜之风起长林》的故事发生于《琅琊榜》结尾约五十年后。昔日梅长苏从掖幽庭救出的三个孩子——路原、萧庭生、林深，结拜为兄弟并共同从军。萧庭生作为祁王遗腹子，被武靖爷萧景琰收为义子，获封长林王；然而路原却误入歧途，与莱阳王勾结贪污军饷，幸在最后关头幡然醒悟，拼死保全人证并留下认罪书后自尽。萧庭生感念兄弟情义，将其五岁的儿子带走抚养，取名萧平章，并力排众议立为长林王府世子。三弟林深战死沙场，临终留下女婴，萧庭生以一对银锁为信物，为亲生儿子萧平旌与林家之女定下婚约，但林深之妻不忍女儿日后承受丧夫之痛，带女悄然离去，平旌由此佩戴银锁苦等多年。 大梁皇宫之内，暗流涌动。武靖爷驾崩后，嫡长子萧歆继位，他为人宽厚睿智，与长林王萧庭生叔侄情深，一生互信无猜。然而，荀皇后与其兄首辅荀白水却深陷被迫害妄想，对长林王府的军功与权势忌惮万分。 萧平旌在琅琊阁学武归来，本是个意气风发、逍遥自在的少年公子。而济风堂医家之女林奚，正是当年那位带着银锁印记的林家遗孤。两人在命运的安排下重逢，却因不知彼此身世，历经了一番纠葛。与此同时，潜伏多年的莱阳侯萧元启，在权力的诱惑与他人的算计下，逐渐展露野心，步入深渊。 面对外敌入侵与朝堂内的猜忌倾轧，长林王府风雨飘摇。萧平章为救父与家国，毅然赴死；萧庭生在朝局动荡中耗尽心血，与世长辞。失去父兄庇护的萧平旌被迫一夜长大，从江湖少年蜕变为长林军的脊梁。在荀白水等人的打压下，长林军番号被裁撤，但“长林之骨”未曾弯折。当大梁面临生死存亡之际，萧平旌依然挺身而出，以一己之力号召旧部，在国破家亡的悬崖边，与黑化夺权的萧元启展开了最终的对决。