《仙剑奇侠传三》的故事发生于第一代的五十年前。彼时，李三思初降人世，巫后尚在襁褓，剑圣亦未拜入蜀山。一切的因果渊源，皆可追溯至千年前的神界。神将军飞蓬与魔尊重楼因两界冲突屡次交锋，难分胜负，渐生惺惺相惜之情。重楼邀飞蓬前往新仙界决斗，飞蓬经不起诱惑答允。两人旷日持久的比试惊动天庭，天帝派兵捉拿。飞蓬因分心落败，佩剑被打落人间，自身亦被贬下凡尘，历经多次转世，化作了渝州城永安当的平凡伙计——景天。重楼在魔界窥探人间，发现昔日对手转世如此卑微，遂滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，取走飞蓬在人间第一世（姜国太子龙阳）所铸的魔剑。他寻到景天发起挑战，并将魔剑交予他，彻底改变了景天原本平淡的生活轨迹。与此同时，景天与唐门大小姐唐雪见因随身玉佩的感应与吸引，以一场“热闹而又尴尬”的相逢结识，成为了一对欢喜冤家。随着雪见家族的剧变，二人阴差阳错地卷入了雪见家族内部斗争以及唐门与霹雳堂的争斗之中，自此踏入江湖的血雨腥风。在波折的际遇中，他们结识了蜀山大弟子徐长卿与其未婚妻紫萱，一直隐藏在魔剑中的鬼魂龙葵也化身而出。其实，雪见与景天皆是来历不凡的有缘人，身藏着几世的秘密。面对这群来历各异的同伴，等待他们的是更加惊险的前程与拯救苍生的重大责任。