远古时期，黄帝战败群魔，战斗中震裂成两截的宝剑化为剑气，剑气又化作为朝云与暮云。彼时，人间一对同名兄弟诞生，却因战乱自幼失散。成年后，朝云成为飞羽军勇士，暮云则加入铜雀军，双方各为其主，互不知情。铜雀军将领淳于越暴虐无道，滥杀无辜，时常侵掠。飞羽军为保境安民，与铜雀军征战不断，朝云与暮云也在战场上刀兵相见。随着战火蔓延，民不聊生，朝云痛心疾首，誓要还百姓安居之地。待朝云逐渐知晓身世真相后，努力在兄弟亲情的感召下救暮云于危难之中。他们在部族少女耶亚希的帮助下，历尽艰险，克服重重困难，找到了象征正义的黄帝剑及精神力量，坚定了心中战胜邪恶、保卫和平的信念。宿命的决战终将到来，朝云与暮云拔剑相向，朝云险胜，轩辕剑气二合为一。感受到弟弟暮云生前身为轩辕剑未能完成的夙愿，朝云决意踏上前往山海界的旅途，替其了却心愿。在山海界中，朝云（即皇甫暮云）历经波折，为了让天女放弃仇恨接受封印，毅然自尽变回原形轩辕剑。夏柔带着轩辕剑，利用盘古斧的力量回到轩辕界，将剑交予耶亚希，剑的传说，绵延永恒。另一时空下，最终兄弟同心，联手打败暴虐的淳于越，飞羽铜雀化剑为犁，消弭战火，保一方黎民平安。