ABC正式宣布续订《神盾局特工》第三季。历经复仇者联盟及影响深远的纽约之战，外星人与超能力者的存在已不再是坊间传说。世界格局面临重新洗牌，野心家们蠢蠢欲动，神盾局也随之迎来了前所未有的严峻挑战。在此危急关头，特工菲尔·科尔森探员（克拉克·格雷格 饰）带领梅琳达·梅（温明娜 饰）、莱奥·菲兹（伊恩·德·卡兹泰克 饰）、珍玛·西蒙斯（伊丽莎白·亨斯屈奇 饰）等核心骨干，联合由黑客团体“涨潮”组织加入的斯凯（汪可盈 饰，后改名黛西），以及身怀绝技的异能者，以凡人之力投身于各种疑云重重的危险事件调查中。第三季中，新型异能人群体不断涌现，引发了社会的恐慌与关注。政府秘密组织ATCU（神秘威胁应对部队）及其负责人罗莎琳开始介入，大肆搜捕异能者。林肯·坎贝尔施展异能逃脱了ATCU黑色行动队的追捕，却被全国通缉为“外星杀人犯”。黛西试图施以援手，却因林肯的自责与逃避而陷入困境。同时，神盾局怀疑ATCU以保护之名行捕杀与研究之实，科尔森与罗莎琳的博弈就此展开。另一方面，从外星球历险归来后的西蒙斯身心受创，对曾经挚爱的实验室和碎裂的传送门巨石产生强烈的应激反应。她如何独自在异星生存的秘密深藏心底，而菲兹与众人的关爱与等待，成为她对抗创伤的唯一慰藉。在异能人与普通人类的矛盾日益激化的背景下，神盾局特工们不仅要面对外部势力的暗流涌动，更要在恐惧与守护的边缘寻找平衡，为保护这个世界倾尽全力。