隋朝末年，群雄并起，烽烟四起，百姓流离失所。太尉王世充野心勃勃，挟持幼主杨侗，残杀异己，企图篡位夺权。面对天下武林人士的威胁，他下达“禁武令”，命侄子王仁则与义子王仁义充当鹰犬，大肆屠杀江湖门派。短短数日，神剑山庄、白猿圣手、霸王枪等洛阳武林世家几乎被扫除殆尽。最终，这股腥风血雨指向了与世无争的方外净地——少林寺。少林寺武术总教头昙宗武功冠绝武林，王世充强邀其出任府中首席教头，设下重重机关考验。昙宗一心向佛，婉言谢绝。王世充恼羞成怒，竟将八年前谋害江都督造张衡一家的灭门血案嫁祸给昙宗。张衡长子张天保背负暗器箱，夜闯少林，几番欲置昙宗于死地。然而，张天保与王世充之女王玉凤本是青梅竹马，王世充为邀宠隋炀帝而屠戮张家，却别有用心地留下次子张天永，改名王仁义收为义子。一场情人诀别、兄弟相残的悲剧就此埋下伏笔。为填充金库，王世充又抄没洛阳首富高达一家，杀害高家三十六口。高飞扬侥幸逃脱，为报仇深山学艺，却误闯魏王李密军营，结识了憨厚大汉九斤与一代枭雄程咬金。李密降郑后，高飞扬随程咬金、秦琼等人寄身虎穴，危机环伺。卖艺兄妹佟锐、佟铃亦未能幸免于乱世的碾压。王仁则垂涎佟铃美色，百般逼迫。幸得朴实农民周锦福相助，佟铃暂避其家，两人日久生情。然而婚事遭兄长反对，佟铃更被王仁则掳走，抵死不从，含恨自尽。悲愤交加的佟锐与周锦福，虽武功不济，却誓报此血海深仇。王世充听信江湖术士桓法嗣之言，残害忠良。桓法嗣表面辅佐，实则暗谋加速其灭亡。此时，昙宗深感天下大乱，为保寺济民，融汇八卦五行，创立了需齐聚十三人的“罗汉奇门棍阵”。他一边躲避追杀，一边历尽艰险寻觅可造之材，最终将周锦福、张天保、高飞扬、佟锐、桓法嗣、嗜武如狂的姚汉武、九斤、改邪归正的王仁义，以及少林弟子僧丰、僧满、道广、智守齐聚阵中。李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳。王世充守城不出，两军隔河对峙。李世民微服渡河刺探军情，不幸被王仁义擒获。王仁义野心勃勃，欲先做驸马，再除王仁则，最终推翻王世充以报家仇，可惜事迹败露。为促天下太平，昙宗自告奋勇，率十二名弟子冒死潜入洛阳城营救李世民。师徒十三人冲进机关密布的天牢，施展少林绝技，攀越城头直闯王宫，劝王世充放下屠刀。王世充执迷不悟，命禁军疯狂狙杀，一场惊心动魄的恶战震撼天地。唐军终获大胜，李世民封昙宗为“大将军”，邀其随军征讨。昙宗清心寡欲，婉拒高官厚禄，情愿归隐少林，重振武学。没有十三棍僧，便没有大唐王朝。这十三位被乱世逼入绝境的平民百姓，历经腥风血雨，终以血肉之躯谱写了一曲护国救民、名垂青史的英雄壮歌。