日暮戈薇是一名就读于国中三年级的15岁普通少女。某日，她意外通过家中神社的食骨之井穿越时空，来到了500年前妖怪横行、战火纷飞的日本战国时代。在御神木下，她邂逅了被封印已久的半妖——犬夜叉。时光倒流回50年前，意欲变成真正大妖怪的犬夜叉，为了得到能实现愿望的四魂之玉，结识了负责守护与净化四魂之玉的巫女桔梗。在不断的交锋与相处中，两人逐渐读懂了对方粗鲁与孤高外表下同样孤独且渴望被爱的心，命运的羁绊由此展开。他们相爱了，并许下约定：利用四魂之玉的力量让犬夜叉变成人类，而完成守护使命的桔梗也可回归平凡生活，与爱人相守终生。然而，悲剧却在此刻悄然降临。曾被桔梗救下的盗贼鬼蜘蛛，因对桔梗心存邪念，将灵魂与肉体献给了众多妖怪，转生为邪恶的半妖奈落。奈落暗中挑拨离间，让犬夜叉与桔梗误以为遭到了对方的背叛。在悲伤与绝望之中，桔梗用最后一口气将犬夜叉封印在御神木上，使其陷入长眠，随后自己亦选择带着四魂之玉在烈火中殉葬。50年后，作为桔梗转世的戈薇解开了犬夜叉的封印，却在与妖怪的战斗中不慎将四魂之玉射成无数碎片，散落于战国时代的各个角落。为了找回四魂之玉的碎片，戈薇与犬夜叉踏上了充满艰难险阻的旅途。一路上，他们结识了可爱的小狐妖七宝、好色的法师弥勒以及勇敢的驱魔师珊瑚等伙伴。众人结伴而行，在幻想与冒险交织的战国乱世中，共同迎击奈落的阴谋，开启了一段跨越时空的宏大物语……