很久以前，在人迹罕至的深山中，矗立着人类最前沿的研究中心。某日，研究用的main computer突然觉醒自我意识并陷入暴走。人类费尽千辛万苦，终于阻止了这场危机，重新夺回了和平的日常……看起来是这样的。然而，回归和平生活的人们为了预防敌人再次暴走袭来，提前准备了巨大机器人，并严格选拔出战士们进行高强度训练。某日，那令人担忧的一天终于来临。正当此时，在一个毫无任何征兆的日子里，地球上空突然出现了一艘黑色的海盗船。船上乘坐的竟是宇宙帝国“残虐”的新任司令官巴卡斯·基鲁，以及原本本应拼尽全力守护地球的海贼战队豪快者。令人难以置信的是，凭借顽强的斗志和无可匹敌的正义感得到历代超级战士认可的第35代豪快者，竟调转枪头，成为了特命战队Go-Busters最强的对手！为了争夺蕴藏着宇宙间最强大力量的联者钥匙，两队超级战士展开殊死搏杀。最终，五把钥匙集结完毕，但一股神秘力量却将战士们吞入一个未知的空间……站在袭来的敌人们面前的队伍，就是特命战队Go-Busters！！面对海贼战队与残虐联手背后隐藏的惊人秘密，他们的战斗，现在开始！