小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中齐心协力拿下冠军。然而随着毕业季的到来，有人升学，有人出国，四人就此分道扬镳。时过境迁，就读于岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）与挚友橘真琴（铃木达央 配音）一同升入高二。偶然间，他们与昔日游泳部的另一位成员叶月渚（代永翼 配音）久别重逢。三人满怀怀念地回忆起小学时光，结伴前往曾经的游泳馆。在这座已显破败的废弃游泳馆里，他们竟意外遇到了当年出国后归来的松冈凛（宫野真守 配音）。然而意料之外的是，昔日并肩作战的战友凛不仅性情大变，更对遥发起了挑战。在突如其来的对决中，遥遗憾落败。这次的失败激起了遥心中的斗志。遥、真琴和渚决定成立岩鸢高中游泳部，经过多番努力，他们终于招募到了对游泳充满热情的新成员龙崎怜（平川大辅 配音）。四人集结完毕，以县大赛冠军为目标展开了紧张的集训。与此同时，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛厉兵秣马。曾经的挚友如今化身赛场上的对手，他们约定，要在水中决一高下。充满激情与活力的岩鸢高中游泳部，在这个炎热的夏天，正式拉开了关于友情、青春与梦想的 Free! 故事帷幕。