故事发生在距今不远的未来世界，表面上看人类社会依旧如常，但各地频发的“异生兽”肆虐事件却给人类的安全带来了致命隐患。为了在暗中解决这一威胁，国际社会秘密成立了世界性防卫组织TLT，其日本支部被称为TLT-J。在TLT-J内部，拥有一支名为“夜袭队（NR）”的精英下属部队，他们装备着最强劲的武器，负责秘密消灭异生兽，是整个防卫组织的中坚力量。然而，面对经过进化的新型异生兽，拥有骄人战绩的夜袭队也陷入了苦战，束手无策。在这千钧一发之际，光之巨人——奈克瑟斯奥特曼及其适能者姫矢准（桐岛优介 饰）神秘登场。奈克瑟斯能够利用相位的褶曲制造出专属的战斗空间“美塔领域”，在巨大化后将异生兽拉入其中展开激烈厮杀。此外，TLT的特殊飞行器合体后亦可进入该空间，与奥特曼并肩作战。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT新近招募的队员，他与和仓队长及其他队员一起处理着繁忙的清剿任务。可是，自从目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量并偶遇姬矢准后，孤门一辉不仅对这位适能者的神秘过往产生了浓厚兴趣，更开始对自己的任务及周围环境产生了深深的疑问：组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们有着怎样的过去？奈克瑟斯与异生兽的原形到底是什么？随着与姬矢准建立起深厚的友谊，孤门一辉一步步走向核心，开始揭开隐藏在黑暗中的重重谜底。