自己的阳台栏杆上，竟然悬挂着一位宛如被单般的纯白少女。这种脱离现实的奇幻情节，毫无预兆地闯入了上条当麻的日常生活。在这座由最先进科学所引导的学园都市中，超能力早已能通过科学技术被系统性地开发出来，然而眼前这位自称“茵蒂克丝”的修女少女，还是让身为无能力者的上条当麻吓了一跳。茵蒂克丝坦白自己因脑中装有十万三千本魔导书而遭到魔法师的追杀，而上条当麻则凭借自己那能将一切异能无效化的右手——“幻想杀手”，印证了少女口中魔法与科学截然不同的存在。随后，少女以不想牵连他人为由离开了上条家。上条如往日一般前往学校学习，可放学回家时，却惊见茵蒂克丝倒在血泊之中。在这科学与魔法两条平行线交叉的世界里，上条当麻被迫踏入了原本不属于他的魔法侧，用那连上帝奇迹都能抹杀的右手破坏了茵蒂克丝的“自动书记”拯救了她。以此为契机，拥有抹杀一切奇迹之手的不幸少年，与掌握十万三千本究极魔导书的纯洁修女，两人之间交织着科学侧与魔法侧的宏大物语，就此轰轰烈烈地拉开了帷幕。