音乐，曾是照亮人心的光芒。然而，当黑色陨石“黑夜陨铁”划破夜空降临大地，这份光芒被世界无情夺走。陨石中涌现出异形的怪物“D2”，它们被人类的演奏所吸引，肆意蹂躏着大地与人民。为了对抗这股绝望，音乐最终沦为世间的禁忌。
在黑暗蔓延之际，反抗者挺身而出。她们是能够将音乐化作力量的少女——“奏者（Musicart）”。这些少女的体内寄宿着人类史上留存的伟大歌剧与乐曲乐谱，以此击溃“D2”。而能够指挥并引导她们发挥出全部潜能的人，便被称为“指挥家”。
时间来到2047年，美国因长年与“D2”的抗争而沦为荒废之地。指挥家朝雏タクト与“奏者”少女命运（曾名为珂赛特），在这片失去音乐的土地上踏上了前往纽约的旅途。
在渴求音乐的指挥家与期望歼灭怪物的奏者之间，两名的少年与少女交织出的旋律，究竟会是为世界带来喜悦的救赎之歌，还是坠入绝望的深渊之音？
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