近未来的东京，在一场毁灭性的大地震后逐渐重塑着秩序。在这座都市的暗流中，两大巨型组织为了夺取“最强武器”而暗中角力：一方是以开发最强兵器为终极目标的导示重工，另一方则是通过操控遗传因子来制造“完美人类”的NSWF。他们殊途同归，共同的觊觎之物只有一个——那便是拥有着毁天灭地之威，且唯有被选中的女人方可驾驭的终极兵器：“WITCHBLADE”。
大地震灾发生的六年之后……天羽雅音与梨穂子相依为命，度过着看似平静而幸福的生活。然而，命运的齿轮从未停止转动。等待着这对母女的，不仅是WITCHBLADE那深渊般暗之力的贪婪召唤，更有一场异常残酷、无法逃避的宿命深渊……
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