十年前，一场几乎毁灭世界的大灾难降临冬木市。孤儿卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣救出火海并收为养子。在养父切嗣临终前夜，士郎与其定下约定，誓要成为“正义的伙伴”。 十年后，为了履行这一承诺，士郎作为见习魔术师日复一日地进行着魔术锻炼。 偶然的一天，士郎意外卷入了魔术师之间惨烈的厮杀对决——“圣杯战争”。传说中，圣杯是能实现持有者任何愿望的奇迹之杯。在这场仪式中，七位由圣杯选出的魔术师（Master）将与七位英灵（Servant）结下契约。英灵被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤现世。七组人马为了争夺那唯一的至高权力，将展开不惜一切代价的殊死搏斗。 卫宫士郎深知，十年前那场几乎毁灭城市的大灾难，正是由“圣杯战争”引发。为了不让悲剧重演，他在生死存亡之际，偶然与剑士职阶的英灵Saber定下契约。 命运的齿轮再次转动，被剑之英灵所救的少年，毅然投身于这充满危险与艰辛的厮杀之中。他将与自己的从灵Saber并肩作战，共同迎接这场缔造奇迹的残酷战争。