松田启人（津村真琴 配音）是一个性格率真、热爱幻想的普通小学五年级男生，他最大的乐趣便是与朋友们游玩数码暴龙卡牌游戏，以及在笔记本上偷偷描绘自己创作的数码兽。某日，启人偶然获得了一张能彻底改变命运的神秘物件——以往从未有人见过的不可思议的蓝色卡片。就在他将蓝卡放入读卡机刷过的一瞬间，眼前的冒险之门轰然洞开。这张神奇的卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，他遇见了由自己画作成真的基尔兽。此时的他还并未察觉，眼前这只数码兽将会是他一生中最重要的搭档与挚友，西新宿舞台上的全新故事也就此拉开序幕。然而，危机悄然降临。为了保护数码世界与众多数码兽，四圣兽之一的朱雀兽接连不断地将帝魔送往人类世界，引发了极大的危险与混乱。为了守护两个世界的和平，启人与好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）义无反顾地加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还强行带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽。为了追寻古乐兽的踪迹，启人一行人毅然闯入危机四伏的数码世界，展开了一场波澜壮阔的大冒险。而在故事的最终篇章中，面对侵蚀世界的终极威胁帝厉魔（D-Reaper），少年与数码兽们将迎来决定命运的生死决战，用勇气与羁绊书写属于他们的未来。