在太一一行人告别数码世界后，数码世界并未就此彻底关闭朝向人类世界的大门。然而，短暂的平静过后，数码世界内部纷争再起，急需新一代“被选中的孩子”来共同维护两个世界的和平。此时，太一、阿和、素娜等初代主角已先后步入初中，随着年岁渐长，他们已没有太多精力与时间再与数码宝贝们并肩作战，维护和平的重任随之交托到了阿武和小光的肩上，由他们作为新一代的领头人。本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人作为新一批被选中的孩子正式加入。与他们一同战斗的，除了亚古兽、加布兽等初代数码宝贝，还有众多全新的数码兽伙伴倾力相助。时光荏苒，当时间来到2012年2月，东京铁塔上空惊现一颗巨大的数码蛋，打破了日常的宁静。彼时，已经20岁的本宫大辅正与V仔兽修行拉面技艺，却意外遇到了一位充满谜团的青年。这位青年手中紧握着布满裂纹的数码器，身边却没有任何搭档数码兽。他语出惊人，自称是世界上最初与数码兽建立搭档关系的人类，甚至坦言自己的搭档数码兽已被自己亲手杀害。这个世界充满了无限的可能性。在眼前展现的这几个世界，时而让人感到希望，有时又令人觉得无情，但新一代的孩子们毫不犹豫地选择接受。因为这不仅是通往新冒险之路的篇章，更是全新可能性的开始。于是，在初代被选中之人的引领下，全新的数码宝贝与新一代守护者们，再次集结，共同踏上了对抗邪恶势力的全新征程……