故事发生在1999年，那个充满不安与不详预兆的世纪之末。坐落在深山之中的华德斯坦私立学院，由于不断发生各类灵异事件，被外界惊惧地称为“超自然学院”。随着前任校长的离世，这所神秘的学园迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。玛雅虽因父亲沉迷超自然研究导致家庭破裂，而变得极度厌恶且绝对不相信超自然力量，但她此行归来接任院长，实则是为了调查父亲死亡的真相。然而，就在她重返学院之际，却遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子。刚刚登场的内田，便抛出了让玛雅大吃一惊的宣言：他居然来自未来的2012年！这个形迹可疑的男子所言究竟是真是假？2012年的世界又面临着怎样颠覆的景象？接连发生的离奇事件，让原本笃信科学的玛雅逐渐开始相信内田的说辞。而内田跨越时空回到过去的真正目的，以及隐藏在世纪末学院背后的巨大危机，也随着两人的联手调查，渐渐浮出了水面……
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