全人类因谜般的现象而在一瞬间化为石像，此后时光荏苒，岁月流转数千年——。 拥有超越人类头脑的天生科学少年·千空，在奇迹洞窟的某种化学成分影响下，破石而出，重获苏醒。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！” 在这走投无路的原始荒芜状况中，千空立下宏愿。他一路寻找着伙伴，先后唤醒了儿时同伴大树与杠，结识了拥有惊人知识储备的原始人少年克罗姆与琥珀等人，以建立“科学王国”为起点，决心取回原先的世界！ 凭借聪慧的头脑与不懈的努力，千空带领众人不断复兴文明。在复兴之路上，拉面、可乐、棉花糖、电话乃至蒸汽机等现代产物相继被制作出来。然而，理念的不同终究引发了冲突——在复活昔日同伴冰月与狮子王司后，双方因对待石化的世界持有截然不同的观点而走向决裂。司坚信只有纯粹的力量才能统治新世界，而千空则坚持以科学创造未来。 为了争夺能够复活石化人类的“奇迹洞窟”，一场科学与武力的巅峰决战即将打响。千空率领科学王国众人，驾驶着自制的汽车向司帝国进发，途中羽京与妮琪的加入更壮大了同伴的队伍。面对险象环生的挑战，千空将以科学为武器，在这片石化废土上踏出重建人类文明的伟大步伐！