全人类被神秘现象瞬间石化，历经数千年的沉寂后，拥有超人般头脑的天才科学少年·石神千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定运用科学的力量复原整个世界。与此同时，以拥有过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们也相继苏醒，他们从零开始创造文明，并逐步建立起“科学王国”。从石器时代跨越至现代文明，他们誓要追平这长达200万年的科学史差距！然而，由灵长类最强高中生·狮子王司统率的“武力帝国”却阻挡在他们面前。以“净化人类”为目的的司，企图用强大的武力扼杀科学的发展。随着千空一行人研发出电气、玻璃乃至情报战的最强武器——手机，一场决定人类未来的石之战争（STONE WARS）就此拉开帷幕！科学对阵武力，究竟鹿死谁手？前所未闻的创世冒险谭，正式开幕！
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