任职于新宿区政府的宫古新，本应成为一名过着朝九晚五生活的普通公务员，却意外被调遣至一个在东京23区编制中无人知晓的神秘部门——“夜间地域交流科”。
这个隐藏在政府机关背后的特殊科室，其核心职责是解决各种由妖怪及另类生物（Angels）引发的超自然事件。
在这里，宫古新与性格各异的同事们组成了奇特的搭档：有着牛郎过往却认真尽责的部门业务队长榊京一，以及外表中性、狂热痴迷于超自然现象与古魔术书的姬冢圣央。在这个世界中，宫古新在尚未察觉的情况下觉醒了能够听见非人者声音的“砂之耳”特殊能力。
从此，他每日与超越人类常识的奇幻存在打交道，在夜幕下的都市中穿梭，为了调和人类与妖怪的世界，日日夜夜出勤工作。
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