《神医》耗资300亿韩元倾力打造，是韩国影史上首部采用3D技术拍摄的电视剧。故事发生在高丽时代，王的护卫部队“于达赤”大将崔莹（李敏镐 饰）奉命护送元朝公主（朴世英 饰）与新登基的高丽恭愍王（柳德焕 饰）返回高丽。然而，归国途中却遭到了权臣奇辙（刘五性 饰）派人的百般阻挠与暗杀。元朝公主在行刺中身受重伤、命悬一线，而她的生死直接关乎着高丽国家的存亡。为挽救公主性命，急需寻得“神医”相助。崔莹借此通过传说中神医华佗离去的“天门”，意外穿越至2012年的现代，并在一场医学讲座上结识了现代女外科医生柳恩秀（金喜善 饰）。由于柳恩秀具备治愈与元朝公主相同创伤的医术，崔莹便将其带回了高丽时代。初到高丽的恩秀，一度误以为自己误入了影视拍摄基地。在凭借精湛医术救活元朝公主后，她满心欢喜地期盼着重返现代，却浑然不知自己已深陷高丽朝廷波谲云诡的政治阴谋之中。而在日夜相处与生死与共的历程中，她与崔莹之间也渐渐萌生了跨越时空的深情。面对波诡云谲的权力斗争与未知的前路，两人将面临怎样的命运遭际？而在时空的十字路口，恩秀最终是会选择回归原本的现代生活，还是甘愿为爱放弃一切，永远留在高丽？