为人聪明圆滑的韦小宝（陈小春 饰）刁钻聪敏，自小随母居于扬州妓院。因一时义气帮助“反清复明”的组织天地会击退清兵后，他稀里糊涂地接受该组织命令，潜入宫中做了一名未净身的假太监，准备伺机偷取藏有清朝秘密的四十二章经。偶然间，小宝结识了微服出巡的康熙皇帝（马浚伟 饰），两人竟不打不相识，成为莫逆之交。小宝更在误打误撞之下，被天地会总舵主暗中收为弟子，命他伺机刺杀康熙，这令小宝深陷忠义两难全的境地。宫廷之内危机四伏：权臣鳌拜欲篡位夺权；邪教组织神龙教更将真太后软禁，并派人假扮太后潜伏宫中十多年，企图盗取大清命脉藏宝图。韦小宝凭借过人的聪明机智，开始周旋于众人之间，一面帮着好兄弟康熙智斗奸臣、救出太后，一面又想着怎样为天地会做事。在此期间，他更惊悉老皇帝顺治仍健在，施妙计令康父子团聚，又挑拨神龙教徒自相残杀，再建奇功。然而，在义与利之间艰难取舍的同时，韦小宝也没忘了风流快活。先后有建宁、双儿、阿珂、木剑平等七个女人投进他的怀抱，尽享齐人之福。但她们吃起醋来、耍起泼来，也着实让韦小宝头疼不已。不久江山大统，康熙命小宝消灭天地会，小宝这才惊觉，康熙早已洞悉自己隐藏的秘密……