西暦2042年、地球上に突如として姿を現した未知の巨大生物「擬態獣」と、世界各国で開発された巨大ロボットたちの激闘が繰り広げられていた。 日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロットである猿渡ゴオは、後に「巨神戦争」と呼ばれることとなるボス擬態獣との決戦において、パートナーであり恋人でもあったミラ・アッカーマンを失ってしまう。しかし、ゴオはその代償と引き換えに、一人の少女の命を救い出していた。その少女の名は、葵杏奈。 辛くも人類は戦いに勝利を収め、それから5年の歳月が流れた。だが、世界各地には未だ擬態獣の亜種が生き残っており、スーパーロボットたちとの戦いは日常として続いていた。17歳の高校生へと成長した杏奈はゴオと運命の再会を果たし、二人は恋に落ちる。やがて意気投合した二人は結婚を決意するが、その結婚式当日、突如として日本に擬態獣が出現。ゴオは式を途中で中断し、ゴーダンナーを駆って出撃せざるを得なくなってしまう。 しかし、杏奈はただ夫の無事な帰宅を待つだけの少女ではなかった！杏奈はゴーダンナーのパートナーロボット「ネオオクサー」に自ら乗り込み、擬態獣との戦いへと身を投じていく！ 果たして、二人は無事に結婚式を挙げることが出来るのか！そして、世界の真の平和を守り抜くことが出来るのか！