少女爱上姐姐2～二人的ELDER～ 故事发生在前作的三年后，舞台依旧设定在备受瞩目的圣应女学院。 主人公御门千早（妃宫千早）是一位容姿端丽、文武双全的银发美少年。由于祖上拥有欧洲血统，他天生便拥有一头惹人注目的银发，以及比许多女孩还要精致美丽的容貌。然而，这份独特的美貌却让他在原本就读的学校里遭受了同学的排挤与异样眼光；加之身为外交官的父亲有着令他无法理解的行径，导致千早逐渐对男性产生厌恶与不信任，最终演变成严重的人际信任危机，甚至失去了笑容，拒绝踏入校园半步。 面对足不出户的千早，母亲妙子采取了强硬手段，逼迫他转学进入自己曾经的母校——圣应女学院。于是，千早不得不以“妃宫千早”这一女性身份，换上女装，开启了一段奇妙的伪娘转校生活。 在学院里，千早意外地与曾在街头从搭讪男手中救下的少女薰子重逢，两人由此开始了同在一个屋檐下的寮生活。凭借着出众的美貌、温婉娴静的举止以及优异的成绩，女装后的千早迅速在校园中崭露头角，渐渐成为全校学生瞩目的焦点，一段围绕新任“Elder”的少女与女装少年的物语就此拉开帷幕。