故事紧接上一季的脉络展开。忍者们虽已成功离开神秘岛，但妮雅的水系元素力量却突然失控。在探寻力量失衡原因的途中，他们意外截获了来自深海的神祕能量波动，由此闯入位于水下五千英寻深处的“无尽大海神殿”。这座幽暗的水下国度中栖息着众多海怪（莫罗匹恩人），由章鱼怪特里玛统治。然而，特里玛之子卡尔玛生性邪恶，他企图集齐“风暴护身符”与“海浪护身符”，唤醒传说中的海上巨蟒“沃杰拉”，以此释放出毁天灭地的破坏力。为达目的，卡尔玛残忍地谋害了自己的父亲并嫁祸给忍者小队。在成功夺取两枚护身符后，他唤醒了沉睡的巨蟒沃杰拉，汹涌的海水瞬间倒灌，水淹忍者城，全城居民陷入了前所未有的生死危机。危急关头，本多玛挺身而出击碎了卡尔玛的权杖。失去对巨蟒控制的卡尔玛，最终自食恶果被沃杰拉无情吞食。然而危机并未解除，为了彻底击败沃杰拉，妮雅毅然做出了牺牲——她不顾自身安危，将自身意识与海洋彻底融为一体。凭借着这份伟大的奉献，妮雅成功打败了沃杰拉，将肆虐的海水引出忍者城，而她自己则永远地留在了那片浩瀚的海水之中。