故事发生在二十世纪四十年代初，日寇投降前夕的上海。日本驻沪特务机关“梅机关”头目松田祯昭，曾密藏了一份名为《蓝色档案》的长期潜伏特务名单。为了获取这份绝密名单，国民党中统局派遣特工赵康成功打入梅机关内部；同时，国民党军统局也派遣特工“银狐”与“寒冰”从重庆赶赴上海执行任务。赵康不惜牺牲个人名誉与沈亚奇的爱情，与松田巧妙周旋，在经受重重考验后赢得其信任，获取了大量绝密情报。然而，军统特工“银狐”却为谋取私利暗中勾结日特，出卖情报，并不断对中统特工暗下毒手。美国情报局对此档案同样垂涎三尺，特派中央情报局特工逢天爵暗中联络“银狐”企图窃取。为了彻底粉碎敌人的反扑阴谋、迎接全国解放，我党指派地下工作者贺德彪、沈亚奇伪装成国民党中统特工，围绕《蓝色档案》与各方势力展开了殊死斗争。起初，同为中统特工的贺德彪与沈亚奇并不知晓对方的真实身份，相互设防。沈亚奇在首次执行中统任务——刺杀“黑桃K”时表现出色，成功取得中统的绝对信任。但在赵康率众特务执行任务时，意外放走了击杀沈亚奇的最佳时机，致使日本人顿生疑心，沈亚奇也随之陷入国共两党的双重猜疑。期间，我党特工方岩松暗中叛变投敌，致使多处地下组织遭受破坏。就在赵康接到中统最高层归队命令之际，一直蒙在鼓里的沈亚奇，竟将自己的初恋赵康当作汉奸亲手击毙。日本天皇宣布无条件投降后，局势暗流涌动。沈亚奇受中统局命令，出任上海汇通银行总经理，接管中统在沪产业。军统局亦派出寒冰、银狐赴上海收回产业，其真实目的仍是搜寻《蓝色档案》。沈亚奇利用总经理之职，与寒冰、银狐巧妙周旋，成功为党组织购置了一批医疗设备与军火。美国老牌特工逢天爵本欲借军火交易顺藤摸瓜，揪出潜伏于中统与军统内部的中共特工，结果却“赔了夫人又折兵”。逢天爵随后暗中策划挤兑风波，企图击垮汇通银行逼迫沈亚奇暴露，但她每次均能化险为夷。在并肩作战中，贺德彪与沈亚奇终于确认了彼此的真实身份，两人暗生情愫，但为了神圣的革命使命，相爱的人却只能将深情隐忍。另一边，寒冰严刑逼供，迫使松田供出《蓝色档案》的藏匿地——苏州青龙山开元寺。松田趁机索回其声称是“天皇赐予”的随身佩剑。这场密谈被一心求财的贺德彪之弟贺德魁与蒯麻子窃听，怎料偷录的机密又被乔装成银行职员的沈亚奇助手李华智取。当夜，开元寺爆发惨烈角斗：寒冰手下朱一山杀死银狐心腹谢德金，贺德魁与蒯麻子又杀死了朱一山并夺走“档案”。然而，这一切周折与厮杀均落入松田的金蝉脱壳之计——到手的不过是一份假名单。事实上，美国情报部门真正觊觎的，是日本人隐藏的另一份真正的《蓝色档案》。日本“金百合”组织曾在东南亚掠夺大量黄金白银与贵重财物。投降前夕，该组织派遣三艘满载财宝的船只准备运回日本，却在上海附近公海被发现。最凶残的组织成员山口安次杀死所有船员，故意将三艘船沉入海底，而那份真正的《蓝色档案》，正是记载着沉船位置的绝密海图。山口安次携带海图驾救生艇漂流至舟山群岛后潜入上海。松田派人暗杀开元寺智能和尚，让山口冒名顶替，并将海图拍成微缩胶卷销毁原件，企图趁遣返战俘与侨民之机将胶卷带回日本。最终，贺德彪穷追不舍，在松田随身佩带的那把短剑中，找到了真正的《蓝色档案》。时间紧迫，刻不容缓，贺德彪等人驱车冲破敌人的重重哨卡，终将这份关乎国家利益的核心档案，安全交到了解放区。