政府为培育各领域超一流的高中生，设立了公认的特权学园——「私立希望之峰学园」。这里云集了拥有“超高校级”才能的“本科”生，同时也存在着只要支付高额学费，任何人都能入读的预备学科。在“超高校级的绝望”所引发的人类史上最大最恶的绝望事件之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，原希望之峰学园的校长与师生们集结成立了“未来机关”，其中便包括了曾经打倒了江之岛盾子的苗木诚等第78期生。他们在此继续推进复兴世界的活动，然而苗木诚却因被指控“庇护绝望的残党”而遭到众人的怀疑。未来机关众人为了处分苗木诚而聚集在一起时，却遭到了黑白熊的监禁，并被强迫进行最后的“自相残杀”。他们的手臂被戴上了奇妙的手环，每隔一定时间就会被注入安眠药。不仅如此，众人之中还潜伏着为了杀光未来机关而来的“背叛者”。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可。”这是一场不存在“学级裁判”规则的自相残杀。杀或者被杀，在这极限状态的死亡游戏中，苗木诚等人被逼入绝境。一场“希望杀死希望的绝望物语”就此拉开帷幕。