《亚刻奥特曼》的故事舞台设定在一座名为星元市的小城市。在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的神秘存在，实际上是16年前“怪兽之日”事件爆发后，便一直矗立于此的怪兽之角。自世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件后，怪兽灾害逐渐演变为日常威胁。在日本地球防卫队以武力应对怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（简称SKIP）为防止灾害发生及受灾扩大，持续在各地进行科学调查与避难引导。时至今日，该组织仍在不断追查“怪兽之日”爆发的真正原因，并深入调查城市中的“摩诺之角”。当年年仅7岁的优马在狮子尾山与父母露营时，不幸遭遇怪兽袭击，却奇迹般地生还且毫发无伤。以此为契机，优马踏上了研究怪兽生物学的道路。尽管背负着痛苦的过去，他并未失去心中的梦想，而是依靠“想象的力量”不断成长，最终作为新手调查员加入了SKIP，并被分配至星元市分所。就在此时，星元市再度爆发大规模怪兽灾害。当“想要保护眼前这些穷途末路的人们！”这一强烈而纯粹的念头从优马心底涌出的瞬间，他脑海中浮现出儿时曾见过的光之使者卢提昂的话语：“我就是你，你就是我，释放你的想象！”出现在手中的神秘之光瞬间包裹住优马的身体，释放出的想象之力将光与人融为一体，守护未来的光之巨人——亚刻奥特曼就此降临！优马与亚刻奥特曼携手重要的伙伴，追逐着永不停歇的梦想，从现在开始奋力奔跑！