原作：XEBEC ／ 总监督：能户隆 ／ 监督：羽原信义 系列构成：冲方丁 ／ 角色设计：平井久司 机械设计：鹫尾直广 ／ 道具设计：白井瑠子 ／ 色彩设定：关本美津子 故事发生在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的两年后。彼时，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与“Mir”对话的手段，这为整座岛带来了全新的可能性。阿尔维斯的孩子们一边坚持不懈地进行着战斗准备，一边摸索着去理解敌人——异星生命体Festum的方法。两年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化。 理解Festum语言的少女，与被Festum所守护的少女。当两人相遇之时，新世界的门将就此打开—— 时间来到2150年6月25日，在残存人类极少的生存圈中，夏威夷岛遭到Festum的大举袭击。新联合国下达了无情的交战规定Alpha命令，将整座岛连同生存者一并烧尽。而在爆炸中心附近，纳雷因将军发现了一名被Festum保护着的少女。一年后，龙宫岛度过着与从前并无二致的和平日子。在与来主操的对话之后，岛屿再度从世界的视野中消失。真壁一骑等人走下了法芙娜，将后辈广登等人作为防卫的核心重点。然而，随着一架人类军输送机意外造访岛上，他们再度被卷入了残酷的战争之中。 为了救援被Festum追赶的人类军输送机，法芙娜部队时隔两年准备出击。这是广登、里奈、晖、芹以及真矢五台机体迎来的全新战争。面带笑容乘上法芙娜的驾驶员们，面对的敌人是人面狮身型Festum。战斗初期，法芙娜部队逐渐取得优势，但累积了战斗经验的敌人学得了新的战斗方法并将其运用。战况不久便从优势转为劣势，岛上的驾驶员们因敌人前所未见的战法而陷入困惑。就在此时，意想不到的增援与他们会合，并开始援护广登等人。与此同时，抵达龙宫岛的光弘等人类军驾驶员，也造访了品茶乐……在这场激烈而又凄绝的生死存亡战中，等待着龙宫岛少年少女们的，究竟是怎样的命运？