《让四害当线人后，她成重案组团宠第二季》从苏念在第二季开局被调进重案组档案室那天讲起，她原本以为上一季结束后能喘口气，结果刚推开档案室的门，就看见鼠哥从柜顶探出脑袋，蛇姐盘在旧案卷上，蜈蚣和壁虎正用触须和尾巴比划着新线索，林队站在门口一脸无奈，顾淮靠在墙边忍着笑，法医周抱着尸检报告冲进来，大熊则把一箱失踪物证重重放在桌上，所有人都在等苏念开口，因为只有她能听懂四害在说什么。剧中主角有苏念、顾淮、林队、法医周、大熊、鼠哥、蛇姐、蜈蚣、壁虎。第二季没有重复上一季的单元模式，而是从一桩珠宝劫案牵出跨省洗钱网，苏念先让鼠哥混进废弃仓库，鼠哥带回半截被咬碎的发票，蛇姐在通风管道里发现一枚定制纽扣，蜈蚣爬进嫌疑人的保险柜，用身体量出夹层尺寸，壁虎则贴在窗外录下交易暗号。顾淮起初不信四害能当线人，直到鼠哥在码头引开守卫，蛇姐缠住监控探头，蜈蚣把微型监听器送进目标口袋，壁虎断尾留下标记，重案组才顺利截住第一批走私货。林队表面严肃，暗中给四害安排了小窝，法医周用零食贿赂蛇姐帮忙找尸块，大熊负责给鼠哥做迷你防弹衣，整个重案组渐渐把苏念和四害当成团宠。中段最惊险的一场戏发生在旧剧院，苏念被内鬼设计困在舞台地下室，通讯全断，四害分头行动，鼠哥咬断电线制造短路，蛇姐从排水管游出去报信，蜈蚣爬过通风口引路，壁虎贴在顾淮手背上带他找到入口，顾淮冲进地下室时，苏念正用旧戏服和道具箱搭出临时掩体，两人在黑暗中背靠背等到支援。随后他们发现珠宝劫案只是幌子，真正目标是重案组物证室里的旧芯片，而内鬼竟是档案室前任管理员，他利用四害不会说话的特点，把密码藏在案卷编号里。苏念没有立刻揭穿，她让鼠哥偷回被篡改的索引卡，蛇姐在嫌疑人车上留下气味，蜈蚣把真芯片换出来，壁虎在交接现场拍下全过程。高潮发生在跨江大桥，林队带队围捕，顾淮和苏念追到桥塔，大熊挡住逃车，法医周用尸检报告中的弹道比对锁定枪手，四害从不同方向窜出，鼠哥跳上嫌疑人肩膀，蛇姐缠住他手腕，蜈蚣钻进衣领，壁虎断尾糊住他眼睛，那人慌乱中自己撞上栏杆。内鬼最终落网，物证室恢复清白，苏念却因擅自行动被停职三天，重案组全员偷偷给她办了一场火锅宴，鼠哥坐在小碟子旁，蛇姐盘在暖气上，蜈蚣和壁虎在窗台排成一排。后来苏念复职，重案组又接到一桩冷案，四害在旧档案里发现被涂改的日期，顾淮顺线追到一家已经倒闭的宠物医院，林队批准他们用四害做正式线人，法医周给每只小动物建了健康档案，大熊则把防弹衣改成更轻的款式。苏念没有再拒绝团宠这个称呼，她知道四害不是工具，而是和她一起在黑暗里爬行的伙伴。最后，《让四害当线人后，她成重案组团宠第二季》让苏念、顾淮、林队、法医周、大熊和四害成为真正的一家人，苏念不再只是能听懂动物的怪人，顾淮学会信任看不见的线索，林队承认团宠也是战斗力，法医周和大熊把四害写进结案报告，鼠哥、蛇姐、蜈蚣、壁虎也终于有了正式编号。第二季结尾，苏念站在重案组门口，四害齐刷刷看向新送来的案卷，她知道下一场硬仗又要开始。《让四害当线人后，她成重案组团宠第二季》用荒诞又热血的设定，把四害变成最不起眼却最可靠的线人，也把一个被边缘化的女孩写成重案组离不开的核心。