凭借着不败的战绩，藤原拓海无可避免地迎来了全新的挑战。《头文字D》第二部在延续激烈飙车对决的同时，着重刻画了拓海作为一名年轻车手的蜕变与成长。其中最为经典的战役，莫过于赤城与伊吕波山路两位车队老大之间的巅峰较量。然而，年轻的拓海在爱情上触了礁——看到夏树与开奔驰的中年男子一同出现，他怒火中烧。带着满腔的愤怒与悲伤，拓海奔向赤城，遇上了帝皇车队须藤京一那辆配备无点火系统的Lancer Evo III。拚上性命才在过弯时争取到的时间，在直道全速区间被无情夺走。这是拓海第一次深刻认识到绝对马力的差距。输掉比赛后，拓海遭遇了人生的重大挫折，内心仿佛被掏空，对自己以及AE86的真正实力产生了深深的怀疑：AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自于父亲藤原文太。在文太与改装师政志的亲手调校下，AE86换上了赛车用的高转速引擎，再次迈向新生。与此同时，拓海遇到了同样驾驶AE86的强劲对手——秋山涉。这场较量别出心裁，比赛规则是在同一赛道上两车来回追赶，直到其中一方成功超越对方为止，这既考验极致的飙车技术，更挑战车手与车辆的极限耐力。最终的胜利，让拓海重新接纳了这辆脱胎换骨的AE86，也让他重拾信心，坚定地回归属于自己的车手生涯。
